崇祯十七年正月初一，李自成在西安称帝。
正月初八日，李自成的百万大军自西安出发，东渡黄河，兵分两路，直扑北京：其一路山西，经太原、宁武、大同、宣化等地，趋居庸关；另一路出河南，经卫辉、彰德诸府，入河北，经邢台、河间，趋保定。约定会师于北京。崇祯心忧如焚，对诸臣不无抱怨地叹气说：“你们怎么不知道为朕分忧！”。左中允李明睿在散朝后悄悄给崇祯支招，说：“闯贼气焰嚣张，直逼京师，此诚危急存亡之秋，惟有迁都南京，才可以解除目前之急，从而再图征剿之功。”
李明睿所说的迁都，并不是要象明成祖朱棣将国都从南京迁到北京一样，大兴土木，几十万、乃至上百万军民，浩浩荡荡，一起搬家。所谓“迁都”，不过是说着好听，其实，就是逃跑。崇祯一走，大臣百姓跟着走，走得多少是多少，走到哪算哪。当年，宋高宗赵构为了逃命，“迁都”都不知迁了多少次，宋州、扬州、建康、越州、杭州，都是他曾经停留过的“行在”，都后才把都城定在了杭州。而宋高宗当年的情况根本就不能与现在的崇祯同日而语。至少，大明政府所能控制的地盘，就比当年的宋高宗多出好几倍。而且，在南京，大明朝廷还设置有一套完好的后备行政班子。实际上，在崇祯十六年六月，周皇后就提过迁都的建议了，她“以寇急”，曾试探崇祯说：“吾南中尚有一家居。”这句话的深层次含义乃是“盖意在南迁也”。
应该说，崇祯是有迁都意向的了。可是，无论如何，迁都都是个极其敏感的话题，后来就出现了辅臣周延儒因提议迁都惨遭下狱的事。现在旧议重提，崇祯忧心忡忡地对李明睿说：“这件事，事关重大，你不要轻易对别人说。”当然，他也坦白，说：“此事我早有所想，只是没有人襄助才推延到了现在。你和我想一块去了，但外边诸臣不赞成，奈何？此事重大，你先保密，切不可轻泄。”改日，崇祯广征大臣们的意见。他这一广征群臣意见的行为，曾被许多不了解明朝政治制度的人以为是他是爱惜自己的名声，不肯落下“逃跑”之名，所以想由有名望的大臣来提，好让群臣做替罪羊。
其实这是一种很深的误解。
虽然，明太祖朱元璋开国之初所追求的是君主独断的政治模式，为此，还特意废除了宰相之职。但随着历史的发展，君主的权力还是受到了越来越大的限制，内阁还是朝着宰相机构的职能靠近，且因为明朝内阁所拥有“票拟”之权，使得其对皇帝权力的限制超过了过去的宰相。所谓票拟，便是代皇帝草拟各种文书，主要是关于六部、百司各类政务奏请文书的批答。其中不乏是与皇帝共同讨论后作出决定所拟成的，但绝大多数是内阁先拟好批答文字，连同原奏请文书一起送皇帝审批。
不难看出，这种方式跟唐、宋朝那种由中书、门下、翰林院等多种机构结合一起草拟下行诏令和审核上行奏章的方式要集中、简便和有效得多。但由此一来，虽然宰相已废，表面上皇帝直接指挥六部、百司政务；实际上许多关于国计民生的大事都得依靠“票拟”定夺，皇帝的意志和权力受到了内阁诸臣极大的左右限制。
可以说，明朝每一项政治措施都在内阁票拟的控制之下。这一方面可以用来解释为什么万历可以多年不上朝，而国家机器却能正常运作的原因。反过来，也可以理解到正德皇帝在南巡时所遭遇的阻力为何这么大，嘉靖的大礼仪事件为何这么激烈，万历的国本之争中，要另立一个太子是多么难。
可以说，越到明朝晚期，皇帝手中的权力越弱，皇帝甚至已经变成了退居幕后的国家最高统治者，而行政权已经几乎完全落在了内阁和六部的手里。所以，要迁都，就必须取得内阁和六部众官员的同意。
然而，朝堂上反对声如潮。廷上的衮衮诸公，全都熟知“土木堡之变”的那一段旧事，在当时的北京保卫战前夕，不是有人曾经提议和支持过迁都吗？那些人的名字，都被牢牢地钉在了历史的耻辱柱上。而反对迁都的于谦，则成了光照千秋的大英雄。
英雄和狗熊之间，你会怎么选？退一万步说，很多大臣内心这么打算的：就算李自成真的推翻了大明王朝，改朝换代，我们也不过改换门庭，换个主子而已。所以，内阁大学士陈演、魏藻德不断授意兵科给事中光时亨给予激烈谏阻。一时间，“不杀明睿，不足以安人心”之论喧嚣尘上。
最后，崇祯不得不表态，说：“祖宗辛苦百战，定鼎于此土，如果因为闯贼来了，朕一人独去，怎么对得起宗庙社稷？怎么对得起京师百万生灵？即使事不可为，国君死社稷，乃是大义之正。朕决不南迁！”（徐鼒《小腆纪年》卷三）迁都之议就此流产。后宫的周皇后大为感叹，说：“南中我家里甚可居，惜政府无有利持之者！”