传说在四千六百多年以前的上古时期，黄帝的部落(以黄河流域为主)跟蚩尤的部落大战于涿鹿之野，双方打了一年多，不分胜负。黄帝苦闷填心，忧心如焚。一天夜里，忽然梦到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘对他说：你要战胜蚩尤，必须找到九星运转时倒映于地上的奇点和吉门。用背孤击虚之法，可大获全胜。九天玄女娘娘在教给他一些秘诀后，便飘然离去。黄帝醒来，马上将这些秘诀整理成书，就是《奇门遁甲》，又选了一个吉日良辰，修了一个很大的高台，于台上致祭，正式启用“奇门遁甲”。祭祀完后，黄帝就用“奇门遁甲”之方法，对蚩尤进行全面反攻。交战中蚩尤作法兴起了漫天大雾，企图利用大雾的帮助来消灭黄帝。而黄帝在“奇门遁甲”的指导下，马上辨清了方向，又用背孤击虚之法，从生门打向死门一举战胜蚩尤。
此后黄帝把“奇门遁甲”视为至宝，为了长久保存，便命风后把它刻到甲骨上。这风后也是知天文，晓地理，通算术，明阴阳的行家。她在太极生两仪，两仪生四象(春、夏、秋、冬)的启发下，将黄帝的一时一局改为了四时一局。她用四个时辰来象征一年中的四个季节，把四千三百二十局，删成了一千零八十局。一千零八十局中，又分为阳遁五百四十局和阴遁五百四十局。这就是“奇门遁甲”历史上的第一次改革。
到了商朝末年，有一个叫姜子牙的人于昆仑山上学得此术，下山后看到商朝天子纣王无道，涂炭生灵，残害百姓，人民生活在水深火热之中，而周室兴隆之气渐现，于是就用“奇门遁甲”去辅佐周室武王。他运用星门变换、踏罡步斗和神遁法门(九天、丙、生门)等方法，幻化时空，改死为生，从而达到了推翻商朝建立周朝的目的。姜子牙在“奇门遁甲”的运用中，觉得一千零八十局还太繁锁，于是又把它跟一年中的七十二侯联系起来，改一千零八十局为七十二局，这就是“奇门遁甲”历史上的第二次改革。
到了秦朝末年，一个叫张良的青年人，有一次经过下邳的圯上，遇一老者坐于其上，而鞋子却掉到桥下去了，老者很不礼貌的对张良说：“小子，快给我把鞋子捡起来！”张良待要发怒，见是一老者，只得把怒气忍了下去，怏怏地走到桥下帮老人捡起了鞋。老者又傲慢地对他说：“穿上！”张良再一次强忍着不平之气为其穿上。老者起身扬长而去，但去不数步，却又折转身来对张良说：“后五日平明在此等我。”五日后的平明张良赶到约会地点，老者已先到了。老者见张良晚于他，非常生气地说：“与老人约会，为什么滞后？五日后再会。”五日后鸡尚未鸣，张良便来到了约会地点，可老者又先到了。老者再次生气地说：“这一次又晚于我，为什么？后五日再会！”这次还没到半夜，张良就赶到了约会地点。老者也随之赶到，并从怀中取出一本书来送给张良说：“读了此书，可以作帝王之师;可以帮助有帝王气慨的人建立新的朝代……”这本书就是“奇门遁甲”。
张良凭着自己的刻苦精神和聪明才智，很快就把“奇门遁甲”的原理弄通了。他感到“奇门遁甲”局数虽多，却跳不出洛书九宫之数，因此也对“奇门遁甲”进行了一次删改。他把姜子牙的七十二局减到了十八局，在十八局中再分阴九局和阳九局，使“奇门遁甲”的布局更为精当，这就是“奇门遁甲”历史上的第三次改革。张良后来在帮助汉高祖刘邦推翻秦朝、平定诸候、战胜项羽的过程中，最常用的就是天遁、地遁和三奇并进之方法。
三国时，曹操率百万大军攻打东吴，双方战舰分列于长江两岸。东吴大将军周瑜想用“火”来攻克对方，而用火攻就必须要有东南风，隆冬之时，又哪里有东南风呢？因此周瑜忧虑成疾一病不起。诸葛亮前来探病，对周瑜说：“亮虽不才，曾遇异人，传授奇门遁甲天书，可以呼风唤雨。都督若要东南风时，可于南屏山建一台，名曰七星坛……。”周瑜听完随即病好，火速于南屏山上建起一台。此台高九尺，作三层。诸葛亮用一百二十名士兵守护，于台上按二十八宿的方位属性树起青、红、白、黑二十八面旌旗，又布以八门、八卦、九星，然后踏罡步斗，仗剑念咒，趋使六丁六甲，终于帮周瑜借来了东南大风，使其顺利的战胜了曹操的百万雄兵……。诸葛亮一生贯用“奇门遁甲”，到死之时还想用“奇门遁甲”借寿，不料被魏延撞翻了七星灯而未成。
中国的先人用“奇门遁甲”建邦立国的例子太多了，如：唐朝的徐茂公，明朝的刘伯温等等…… 都是用“奇门遁甲”来行兵打仗夺取江山的，所以“奇门遁甲”倍受帝王喜爱，并珍藏而暗习之，“奇门遁甲”也因此被称作帝王之学。
在中国几千年的历史长河中，“奇门遁甲”术在选择传人时非常地慎重和严谨，一般是单传和秘传。有的师傅把此书藏于山洞之中，待百年后的有缘人得而习之。社会上流传的“奇门遁甲”讹本较多，真本难得，少数真本也是错误百出，使学者难登堂奥，只得望洋兴叹！
“奇门遁甲”开始主要用于行兵打仗，即如何布奇门以打败敌军;如何在遇到强大不可抵抗的敌军时，隐遁保全自己的部队;如何呼风唤雨为我所用;如何对世间的事物进行预测……
解放战争初期，阎锡山的部队大举进攻延安，毛泽东只好带着他的中央机关转移(逃跑)。当毛泽东跑到一个歧路口时，便指挥部队走东边的一条路，并于路边立了一块：“毛泽东由此向东”的牌子，看到牌子，追上来的敌兵一下子不知所措了，毛泽东也就顺利地摆脱了敌人的追击。后来听人们说，毛泽东身边有懂“奇门遁甲”的人。毛泽东所走的那条路，刚好上临丙奇与九天，下临生门，时间、空间的交汇形成了一个盲点。在盲点上人们容易产生视而不见之状况，好象大脑思维突然停滞了一样。
“奇门遁甲”以九星二十八宿的运转来体现时间场和空间场的变换及其相互之间的关系与规律。它以八卦来体现空间场的作用;以八门来体现人事的代谢和社会的变迁;以八神来体现虚性波状(虚子)世界的神秘物质的力量和价值。总的来说，它是以天盘来模拟天道;地盘来模拟地道;人盘来模拟人道;神盘来模拟神道;它是中国古代圣人对宇宙运动变化的模拟图。