李世民虽然对李治进行了全面的太子教育，但由于李治忠厚温良的品质已形成，李治是否能面对严酷的政治斗争，是否能让跟随自己的大臣心甘情愿地辅助李治把“贞观之治”进行下去，这一切，使他对李氏王朝的未来忧心忡忡。
所以，李世民不得不尽己所能为太子李治尽可能扫平前进途中的障碍，而这些障碍主要有两个方面：一是内部问题，二是外部安定。
在外部安定上，李世民四面出击力图扫平威胁李氏政权的边疆隐患。跟少数民族打仗，向来是唐朝的拿手绝活。贞观十八年(644年)，李世民下令出击焉耆，活捉了焉耆王龙突骑支。同年，又把高丽纳进自己的势力范围。第二年，他就开始了行动，分陆海两路攻击高丽，李世民亲自到辽东前线督战。但高丽人的坚决死守让唐军每进一步，都要付出沉重的代价。后因久攻不下，天气转冷，粮草供应困难，李世民只好下令退兵。贞观二十年(646年)，李世民又发兵和突厥兵分九路北征，获得了巨大胜利，铁勒诸部均表示永远臣服大唐。贞观二十二年(648年)，李世民进行了第二次征讨高丽的战争，这是在东北;在西北，他攻击龟兹，龟兹臣服;在西南，巴蜀十三州精兵全被派出，击败了“松外诸蛮”，收降了七十余部……
他所进行的这一系列对外战争带来的负面影响立竿见影，贞观前期所积储的口粮全被用尽，大量的征兵和征收赋税与当初的“与民休息”的政策大相违背，百姓不堪重负，引起了局部的骚动不安。但这应该在李世民预料之中，他所做的一切不过是为自己的接班人扫清障碍。另外，他对自己近二十年的励精图治所奠定的厚重根基很了解，一旦接班人上台，立即“与民休息”、“轻徭薄赋”，不安的国势很快就会平复。毕竟，唐帝国有这个基础。
而相比于外部安定这一障碍，内部问题可真就是李世民面临的大问题了。直接一点说，李世民所谓的内部问题就是担心李治接班后在驾驭群臣、处理国政上力量不够，信心不足。
就在立李治为太子不久，他就因担心李治性格仁弱而召见长孙无忌，叹息道：“你总劝我立他，如今立了，但恐怕不能守社稷，该如何是好啊？！”
尽管长孙无忌用各种各样的话让李世民相信李治必将是个优秀的统治者，但李世民始终放心不下，他最担心的就是李治无法驾驭这群追随自己多年的老臣。一个优秀的人领导的团队，必然也是优秀的。李世民能创下千古之功业，和他身边的那群优秀臣子的辅助是分不开的。所以，他担心，这些臣子一旦遇到了一个并不如自己的领导，还肯不肯卖力，再退而求其次地说，他们还肯不肯服从。
为此，他真是颇费脑筋。他做的第一件事就是对太子之位争夺后留下的隐患进行消除，稳定以长孙无忌为首的关陇集团的核心地位。因为长孙无忌是自己的大舅子，他的老婆长孙皇后是个不折不扣的好人。况且，这个大舅子曾强烈要求他立李治为太子，并且忠心可嘉。想要让日后的李治好过一点，就必须为他培养一批自己的势力，而长孙无忌就是这一势力的代表。那么，倒霉的就是另外一群人了。
这群人就是普通地主出身的朝廷重臣。此时，魏徵已死，由他推荐的侯君集、杜正伦被李世民拿下，并且推倒了魏徵墓碑。对曾劝立魏王李泰的岑文本等人进行彻底打压，一批曾经在太子之争中站错了队伍的大臣纷纷落马，出身普通地主家庭的大臣在朝廷中所剩无几。
贞观二十三年(649年)，李世民临死前将朝廷重臣李世绩贬为叠州都督，李治反对，他语重心长地说道：“李世绩才智有余，但你对他没有恩情，他日你成为皇帝，怎么可能收服他？我现在把他贬到外地，等你上台后再把他召到朝廷，但不可一步到位，慢慢升迁。如果他稍有怨言，或是对你不恭，你要立即将其诛杀，绝不可留。”
许多人读到此处，都认为李世民毒如蛇蝎，但他的初衷却是为了后代子孙啊。
表面看来，李世民为李治开辟了一条坦途。但李治并没有走远，事实是，“贞观之治”不但创造了一个盛世大唐，还制造出了无数能臣名相。李世民即使再狠毒，也不可能将朝中旧臣赶尽杀绝。况且，他当时认定的内部危机只是太子之争留下的隐患而已。
所以，当李治一登基，马上陷入了一个十分窘迫的境地。李世民无处不在的余威在许多大臣身上得到体现，这些人在这个年轻皇帝面前，往往以长辈自居，侃侃论奏，李治稍有错处，他们就马上教育开来。特别是长孙无忌，担任宰相一职三十年，朝中大臣都畏惧他十分。而他更以顾命大臣的身份对李治进行教育，年轻的皇帝李治无论如何都不能跳出这个父亲不经意设置的“群臣旋涡”。
他最终选择了武则天当皇后，与此大有关系