诸葛亮当然自己自己的妻子的舅舅蔡瑁一直厌恶刘琦，甚至想害死刘琦，虽然现在还没有动手，可一旦荆州之主刘表去世，刘琦立刻会有血光之灾，蔡瑁可不是什么善人，当年辅佐刘表平定荆州，杀的人实在太多了。可是，翻遍历史，也找不到诸葛亮和蔡瑁，这位妻子的舅舅有任何直接关联。就连黄承彦和蔡瑁之间的交往也无迹可寻。最可能的就是诸葛亮和蔡瑁的政见不同，虽然说同是亲戚，可是彼此很少往来，于是，当刘琦死缠烂打，一再表示诸葛亮说出去绝对不会有外人知道的时候，诸葛亮就说出了自己心中的想法。
刘琦可怜，但是，诸葛亮帮助刘琦却不仅仅是出于对刘琦的怜悯，虽然说和刘琦少年相识，但是为了刘琦而去得罪自己的长辈，得罪在荆州势力最大的豪强，诸葛亮不会那么感情用事。真正的原因，还是诸葛亮顾及刘备的利益，而做的一个长远考虑。当刘备在荆州的时候，境遇非常的尴尬。即便是在演义中，刘备也是步步危机。而在正史中，曹操北伐袁绍，刘备曾经劝说刘表进攻许都，曹操必然首尾难顾。可是刘表优柔寡断，尤其是刘表忌惮刘备，害怕刘备的势力进一步扩张而放弃了这次大好机会。当北伐结束，曹操已经一统北方，伐荆州只是早晚的事情，刘表才着急起来。刘表非常遗憾，刘备劝说：“现在天下分裂，每天都有战事发生，机会还会有很多的。”可对于刘表来说，这已经是他的最后一次机会。不久之后，刘表就病死了，荆州也一度被曹操吞并。此时，刘表已经病重，荆州到底由谁来继承直接关系到刘备的利益。
也有人会说，刘备也可以趁机夺取荆州啊。其实，刘表对刘备一直很地方，说是说两人同是汉室宗亲，可在那个岁月，即便是兄弟父子为了权力也刀兵相见。刘备来到荆州不久，刘表就把刘备安置到了新野。当初，张绣率领兵马来投靠刘表，刘表让张绣驻守南阳的宛城，成为抵挡曹操的第一道防线。后来，张绣归降了曹操，刘表和曹操接壤，随时可能面临曹操的进攻，刘表担心的要死。刘备既然来了，刚刚好，就给刘表把守北方的门户吧。刘表分给刘备一个小小的新野县，城郭矮小，人民稀少，刘备善待百姓，引得不少流民来归，勉强凑到了那么几千人马。
只要刘表在世，刘备根本没有机会进入荆州高层，更没有足够的军事实力夺取荆州最高权力。于是，刘备只有等待。而刘琦和刘琮两位公子争夺权力正是大好时机。此时，刘备选择了支持刘琦，自然诸葛亮也选择支持刘琦。确实，刘琮有荆州最有实力的蔡氏家族的支持，更有刘表外省同为水军统帅的张允的支持，更有荆州第二大豪强势力蒯家的支持，根本不稀罕刘备那几千人马。而刘琦除了大公子的身份一无所有，而这一点正可以成为刘备挟公子以令荆州的策略。如果不是曹操此时大兵进犯，刘备很有可能比较和平的夺取荆州。
于是，刘琦问计，诸葛亮一开始没有作答，但当条件允许的时候，还是帮忙为刘琦支招，好为以后亲近刘琦进而控制刘琦做好铺垫。或许有人会觉得刘备也好，诸葛亮也好，不至于有这么险恶的用心吧？在刘备趁着赤壁大战后曹操、孙权互相死掐突袭取得荆州南部四郡时，刘备表奏刘琦为荆州刺史，成为名义上的荆州之主，这样，刘备既可以得到荆州四郡的实权，又可以堵住孙权的嘴巴，于是其用心也可见一斑了。