顺治十年（1653年），为了牵制作为三藩之首的吴三桂，顺治帝将妹妹建宁公主许配给了平西王吴三桂的儿子吴应熊，然而事实却并非顺治帝想的那样简单，吴三桂的气焰不降反涨。
康熙十二年春，康熙皇帝作出撤藩的决定。吴三桂首先于这年十一月杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，提出“兴明讨虏”，将矛头指向了朝廷。吴三桂军以很快的速度占据湖南，进而进犯四川，四川官员纷纷投降。福建、广东、广西、陕西、湖北、河南等地都有藩王或将领响应。
为了打击吴三贵的气焰，康熙在十三年四月十三日下令处死吴应熊及其子吴世霖。吴三桂在起兵反叛前，曾派人秘密到京城接吴世熊和吴世霖去昆明。虽然不能劝说自己的父亲放弃反叛的念头，但吴应熊也不会为了性命而犯下叛逆之罪。按照大清的律例谋反是要株连亲属的，作为吴三桂的儿子将被处以极刑，这一点吴应熊心知肚明。即便是这样，他也宁愿留在京城接受处罚，至死也要做大清的子民。也因此，吴应熊和其子吴世霖为“三藩叛乱”付出了生命的代价。
这也致使建宁公主失去了丈夫和儿子，失去了家庭。这一年她才三十三岁，其悲伤和心碎之痛可想而知。在之后的三十年中，虽然康熙多次下诏安慰在“三藩叛乱”中受到伤害的姑母，然而，这又怎能治愈建宁公主的创伤呢？