崇祯二年(1629年)，袁崇焕给明思宗上了一道洋洋数千言的奏疏——《蓟辽督师袁崇焕题本》，在这份奏疏中，袁崇焕称自己“战惧惶悚之至”，表示要“席藁待罪”。思宗看完奏疏后，“意殊骇”。是什么事情让统领辽东大军的袁督师如此惶恐，令崇祯皇帝如何震惊呢 ？原来，在奏疏中，袁崇焕向思宗报告了他刚做的一件大事，就是诛杀了东江总兵毛文龙！毛文龙是怎样一个人？袁崇焕为什么要杀他呢？
毛文龙，浙江杭州人，天启元年(1621年)在辽东巡抚王化贞手下任游击，后金攻陷辽阳后，占据鸭绿江边的镇江堡，升任副总兵，后率部驻守皮岛。皮岛又称东江，位于辽东、朝鲜、山东登莱二州之间，战略位置极其重要，对牵制后金军队的进攻有重要作用，因此朝廷在皮岛建立东江镇，晋升毛文龙为东江总兵。天启三年(1623年)，毛文龙率部攻占辽东要地金州，天启皇帝闻讯大喜，晋升毛文龙为左都督，挂将军印，赐尚方宝剑，并在谕旨中对毛文龙大加赞扬。由于毛文龙的东江镇对后金腹地形成极大威胁，后金视毛文龙为眼中钉，为了除掉毛文龙，曾几次兴兵讨伐，却都无功而返。
天启六年(1626年)，努尔哈赤率十几万大军进攻宁远这座孤城，原本以为唾手可得的胜利却在袁崇焕率领的数千守军面前化为泡影，气急败坏的努尔哈赤亲临前线督战，结果被红夷大炮击伤，一命呜呼。第二年，一心为父报仇的皇太极又在宁远、锦州城下损兵折将，连夜溃逃。宁远、宁锦大捷的赫赫战功，使袁崇焕成为威震辽东的抗金英雄。崇祯元年(1628年)，一心想求中兴之治的明思宗为恢复辽东，提升袁崇焕为兵部尚书兼都察院右都御史、督师蓟辽兼登莱天津军务，将辽东军事大权一古脑儿交给了袁崇焕。面对皇帝如此的知遇之恩，袁崇焕感激之余，喊出了“五年复辽”的豪言壮语。然而，让人疑惑不解的是，袁崇焕“五年复辽”大计的第一步竟然是诛杀大将毛文龙。没想到，后金想做而做不到的事，袁崇焕却帮他们做到了。身处皇宫，延颈企盼袁崇焕复辽喜讯的崇祯皇帝，大概做梦也没想到，袁崇焕给他送来的却是一份震惊。那么，袁崇焕为什么要杀毛文龙呢？毛文龙到底该不该杀呢？
有学者认为，“袁崇焕斩所当斩，毛文龙死且有余辜”。毛文龙的余辜是什么呢？想来是毛文龙死后不久，他的部将纷纷叛变。要知道，在清初四大降王中，除平西王吴三桂外，定南王孔有德、靖南王耿仲明、平南王尚可喜都是毛文龙的旧部。然而，在这些学者看来，这些人的降清与袁崇焕诛杀毛文龙并没有因果关系，梁启超先生在《袁崇焕传》中甚至称毛文龙不死，也许会成为最大的降王，支持袁崇焕诛杀毛文龙之情跃然纸上。在有些人看来，毛文龙该不该杀似乎根本就不是问题，原因非常简单，因为杀他的是威名赫赫的袁崇焕。既然我们认同袁崇焕是大忠臣，被他诛杀的人自然是罪该万死，死有余辜了。
不过，并不是所有人都认为毛文龙该杀。崇祯皇帝应该是其中一个，从他“意殊骇”的反应看，他是完全没想到袁崇焕竟会杀毛文龙，也不认同袁崇焕的做法。只是想到毛文龙已经死了，自己还要靠袁崇焕收复辽东，只得下旨嘉奖他一番，以安其心。即使崇祯皇帝公开表态支持袁崇焕，还下诏公布毛文龙的罪名，但当时还是有不少人为毛文龙被杀喊冤。有人写了一部四十回的小说《辽海丹忠录》，大讲毛文龙的功绩。《明季北略》甚至把袁崇焕以十二条罪状诛杀毛文龙与秦桧以十二道金牌害死岳飞相提并论。
那么，袁崇焕宣布的毛文龙十二条当斩之罪是什么内容呢？我们不妨看一下：一、九年以来兵马钱粮不受经略巡抚管核;二、全无战功，却报首功;三、刚愎撒泼，无人臣礼;四、侵盗边海钱粮;五、自开马市，私通外夷;六、亵朝廷名器，树自己爪牙;七、劫赃无算，躬为盗贼;八、好色诲淫;九、拘锢难民，草菅民命;十、交结近侍;十一、掩败为功;十二、开镇八年，不能复辽东寸土。
平心而论，即便袁崇祯所说的都是事实，十二条中大多都是明军中的常见现象，真正够得上罪状的并不很多，更不用说是当斩之罪了。而且，所列的十二条罪状中，有些实在是比较牵强的。比如说粮晌问题，其实朝中大臣早就有人指责毛文龙靡费军晌，户部还曾打算前往皮岛核查兵员，目的就是想裁减毛文龙的军晌，然而崇祯皇帝并没有同意户部的做法。在给毛文龙奏疏的批复中，崇祯皇帝承认毛文龙的军队孤悬海外有自己的特殊性，只要奋勇报国，军晌可以比其他部队稍许宽松些。皇帝已经如此表态，袁崇焕再把军晌问题作为毛文龙的罪状未免有些说不过去，更何况冒领军晌的情况在明军中完全是普遍存在的，如果这也算当斩之罪，明军大概剩不了几个将领了。
再如说毛文龙全无战功，却报首功等等，多少也显得有失公允。毛文龙能够官至总兵，主持一方军事大政，靠的正是战功，单说他将皮岛建成军事重镇，己经可说是个大功劳了。事实上，在袁崇焕取得宁远大捷之前，毛文龙是明军中惟一能与后金相抗衡的将领。工科给事中杨所修就曾指出：东方自逆奴狂逞以来，惟一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘腋间撩动而牵制之;奴未出老巢则不时攻掠，以阻其来;奴离窥关则乘机捣袭，以断其后。董其昌更是在奏疏中声称：如得两个毛文龙，则努尔哈赤可擒，辽东可复。此话虽然夸张些，但也可看出毛文龙在当时抵抗后金战争中的重要地位。
至于说毛文龙开镇八年，不能复辽东寸土，则显得有些吹毛求疵。毛文龙驻守皮岛的意义在于牵制后金，使其不能全力南下。对于这一点，兵部早有清醒的认识：毛文龙灭奴不足，牵奴则有余。而在牵制后金这一点上，毛文龙无疑做得相当不错，天启皇帝曾多次在谕旨中称赞他：多方牵制，使奴狼狈而不敢两面顾。可见天启皇帝对毛文龙还是相当满意的。而要求毛文龙以一镇兵力与后金全面对抗，只能说是袁崇焕的苛求。退一步讲，在辽东战场丧师失地的情况下，毛文龙至少还坚守住了自己的防区，如果这也要杀，那些打了败仗的将领是不是要全部杀头呢？
还有就是说毛文龙结交近侍，这倒是实情，这个近侍说出来想必大家都知道，他便是魏忠贤。毛文龙曾给魏忠贤送礼，还在皮岛上建魏忠贤塑像，这在与东林党关系密切、自己还曾遭魏忠贤陷害的袁崇焕看来，自然够得上一条罪状。但是，天启年间，全国的文武官员给魏忠贤送过礼的人恐怕是难以计数，而为魏忠贤立塑像也不是什么特别的事，当年全国各地为魏忠贤建的生祠何止千百。袁崇焕把这个拿出来当成诛杀毛文龙的理由，多少有些党派相争的意味，夹杂了个人感情。
再退一步讲，就算毛文龙有死罪，但十二条罪状中并没有什么需要袁崇焕临机决断，当场处死的紧急情况，完全可以将毛文龙逮捕后送交京城，由崇祯皇帝决定如何发落。毕竟毛文龙是一镇总兵，而且还有先帝所赐尚方宝剑。说起来，袁崇焕的尚方宝剑还是儿子辈的呢。从这一角度讲，袁崇焕诛杀毛文龙多少显得有些莽撞，也难怪崇祯皇帝会感到“意殊骇”。
那么，袁崇焕为什么会诛杀毛文龙呢？
有人认为，袁崇焕杀毛文龙只是一个偶发事件，袁崇焕本来并没有决定要杀毛文龙，他登岛的目的是想劝说毛文龙听从节制，或者让毛文龙交出兵权，只是在毛文龙拒绝合作后才决定临阵诛杀毛文龙。其根据是，袁崇焕上岛后并没有马上诛杀毛文龙，而是与毛文龙连续三天举行密谈，由于毛文龙并不听命，无奈之下才决定诛杀他。
也有学者指出，袁崇焕杀毛文龙其实早就有预谋，登岛的真正目的就是以商量东西夹击的军事计划为名，寻机诛杀毛文龙。理由是袁崇焕在离京之前与内阁大学士钱龙锡谈及平辽事宜时，明确表示平定辽东“先从东江做起”，而所谓的“从东江做起”，其实就是要诛杀毛文龙，这一点，在袁崇焕事后给祟祯皇帝的奏疏中有明确的表述：“自去年(祟祯元年)十二月，臣安排已定，(毛)文龙有死无生矣。”其欲杀毛文龙的态度表露无遗。这是一个让人感到奇怪的想法，平定辽东的首要任务，竟然不是打击后金，收复失地，而是要对付平辽战场上的另一位重要将领。带着这种想法，袁崇祯上任伊始就下令海禁，切断了毛文龙海上贸易的命脉，毛文龙在给崇祯皇帝的奏疏中，把袁崇焕的这一做法称为是“拦喉切我一刀”。虽然只是一介武夫，毛文龙还是意识到袁崇焕将要对自己下手，因此在奏疏中大发感叹：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。对袁崇焕已生杀毛之心还蒙在鼓里的祟祯皇帝想到答应过袁崇焕为实现五年复辽大计可以便宜从事，自己不便出面干涉，只得好言安慰毛文龙：军中一切事宜，当从长商榷。崇祯皇帝没有想到的是，毛文龙已经没有机会从长商榷了。时隔不久，袁崇焕就已经完成了他五年复辽大计中的第一个计划——诛杀毛文龙。让人感到可悲的是，这似乎是袁崇焕五年复辽大计中惟一真正实现的计划。
从严格意义上讲，袁崇焕喊出“五年复辽”时并没有完整的计划。史载崇祯元年(1628年)七月十四日，崇祯皇帝召见袁崇焕等人举行御前会议，讨论辽东局势，意气风发的袁崇焕提出：“倘皇上能给臣便宜行事，五年而辽东外患可平，全辽可复。”但当会议休息时，兵科给事中许誉卿向袁崇焕讨教“五年复辽”的方略时，听到的却是“聊慰上意”四字。一个根本没有经过周密规划的目标，实现的可能性会有多少呢 ？有学者分析了当时辽东的形势和力量对比，得出结论：袁崇焕“五年复辽”的豪言壮语，如同梦呓！
然而无论“五年复辽”是否梦呓，崇祯皇帝却信以为真，袁崇焕便也只好努力完成这个难以完成的任务。有学者指出，袁崇焕诛杀毛文龙的真实目的，在于整饬军纪，树立督师权威。当时，宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗，更不用说五年复辽。而毛文龙长年孤军海外，不服节制由来已久，加上毛文龙在辽东各军中地位颇高，因此诛杀毛文龙将能起到杀一儆百，威慑众将的目的，对整饬军纪，树立督师权威无疑是有利的。我们现在当然无法得知袁崇焕当时心中所想，但诛杀毛文龙，仅从军事上看，只能说是袁崇焕缺乏全局观，缺乏战略眼光的表现。毛文龙一死，明军仅有的一支战略牵制力量不复存在，辽东战争脆弱的均势就此被打破，没有了困扰多年的侧翼威胁，后金终于可以放心南下了。几个月后，皇太极率十万大军绕过袁崇焕重兵驻守的宁远、锦州诸城，第一次兵临北京城下，袁崇焕的复辽大业就此走到尽头。